Engin Aydın, 7 Ocak 2009’da Ergenkon soruşturmasının 10. dalgasında aralarında Eski YÖK Başkanı Kemal Gürüz, eski MGK Sekreteri Tuncer Kılınç, eski Genelkurmay Adli Müşaviri Erdal Yenel, emekli Org. Kemal Yavuz, yazar Yalçın Küçük ve eski Özel Harekât Daire Başkan Vekili İbrahim Şahin de bulunduğu 37 kişi ile birlikte gözaltına alındı, 11 Ocak 2009’da tutuklanarak cezaevine gönderildi. Ancak Aydın ile Yalçın Küçük’ün avukatlarının tutukluluğa yaptığı itiraz üzerine Aydın ve Küçük 11 gün tutuklu kaldıkları Silivri Cezaevi’nden tahliye edildi.

Aydın, Ergenekon soruşturması kapsamında hazırlanan 3. iddianamede de sanık olarak yer aldı. Aydın’ın “silahlı terör örgütüne üye olmak” suçundan 7.5 yıldan 15 yıla kadar hapsi istendi. Aydın hala aynı dava kapsamında tutuksuz sanık olarak yargılanıyordu. Engin Aydın’ın iddianamede örgüt toplantısı olarak nitelendirilen ‘Kent Otel’ toplantılarının sekreterliğini yaptığı iddia ediliyordu. Bu toplantılara Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu (HSYK) üyesi Ali Fuat Ertosun’un da 13 kez katıldığı iddia edilmişti. Akciğer kanserine yakalanan ve uzun süredir kemoterapi tedavisi gören Aydın Ankara’daki evinde geçirdiği kalp krizi soncu hayatını kaybetti.