1965 İzmir Atatürk Lisesi mezunudur. Türk Yıldızlarının filo komutanlığını yapmıştır. 2004-2006 yılları arasında 1. Hava Kuvveti ve 6. birleştirilmiş Hava Harekat Merkezi komutanı olarak görev yaptı.
FETÖ’cü savcıların başlattığı 28 Şubat soruşturmasının hedefi olmuştu. Şubat 2013 tarihinde Ankara Adliyesi’nde ifadesi alınan Efeer, tutuklanma istemiyle mahkemeye çıkarılmıştı.
TMK’nın 10. maddesiyle görevli Ankara Nöbetçi 3 No’lu Hakimliği’nde sorgulanan emekli Korgeneral Ahmet Atalay Efeer, adli kontrol ile serbest bırakılmıştı.