14 Temmuz 2008’de Ergenekon soruşturması kapsamında Ankara’da gözaltına alınarak İstanbul’a getirildi. Operasyon kapsamında Doğan’ın depo olarak kullandığı İstanbul Beykoz’daki bir evde yapılan aramalarda ise çok sayıda gizli olduğu ileri sürülen belgeler, 2 kalaşnikof marka tüfek, bin adet mermi ve bin boş kovan bulundu. 5 Ağustos 2013’te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında 47 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı,[6] ancak sağlık durumu ve yaşı dikkate alınarak adli kontrol uygulaması şartları kapsamında tahliye edildi.
17 Ekim 2014 tarihinde, İstanbul’da tedavi gördüğü GATA Haydarpaşa Eğitim Hastanesi’nde ölmüştür.